连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。

鸣海孝之（谷山纪章配音）、平慎二（青木城配音）和速濑水月（石桥朋子配音）是学生时代的好友，毕业在即，三人亦即将奔向不同的未来。某日，鸣海孝之结识了名叫凉宫遥（栗林美奈实配音）的少女，在速濑水月的牵线搭桥下，鸣海孝之和凉宫遥走到了一起。其实，水月一直暗暗的喜欢着孝之，在生日当天，她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之，希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而，当孝之告别水月来到约会地点时，等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后，凉宫遥从昏迷中苏醒了，可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天，殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。

二战后的十数年，日本从战败的阴影中逐渐走出，进入了经济高度增长的时代。然而强硬的经济政策也导致失业率的不断攀升，各种反政府武装势力不断抬头，安定的社会治安荡然无存。为了应对这一难题，政府建立了拥有高度自主权的首都圈治安警察机构，通过精良的装备和果断的武力来打击以“党派”为首的反政府组织。随着经济不断发展，崇尚暴力的首都圈警察和“党派”逐渐遭到民众的厌弃和孤立。

三年前的那场事故使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。遥昏睡了整整三年即便是苏醒后的短时间内记忆也一直是处在混乱状态。孝之因为遥的事故而深受打击过着茫然自失的生活。但是全靠了速濑水月献身性的努力虽然几经周折但还是振作了起来现在在Family‐restaurant——Skytemple打工中。遥也找回了记忆病情也康复了马上就能够出院了。随后在遥出院的当天孝之以及好朋友平慎二遥的父亲宗一郎以及遥的妹妹茜一起前往医院迎接出院了的遥。但是在那里并没有出现一直支撑着孝之甚至想到过了结婚的水月的身影…