故事发生在数百年后的公元25世纪，那时，人类的居所早已不在仅限于地球，越来越多的空间跳跃门连接着各式各样的行星。在科技和运输正在高速发展的同时，以经济贸易为幌子的罪恶行径也在滋生，因此而引发的行星之间的战争从未间断。因此，一个维护宇宙秩序的组织“宇宙行星联合会”成立了。 在联合会中，有一个秘密的小分队，人们称之为ES member，队员们在身怀绝技的同时，也有着过人的智商和勇气。性格开朗的艾克蕾尔（永田亮子 配音）就是秘密小队中的一员，她以其卓越的力量和速度成为了小队中的中坚分子。作为艾克蕾尔的搭档，琉米爱尔（平野绫 配音）虽然有着娇小的体型，但她特有的能力是其他人所无法替代的。站在她们敌对方的，是那些在宇宙中臭名昭著的诈骗犯和恐怖分子，这两个柔弱的女孩能够顺利完成她们的任务吗？

天河优人（平川大辅配音）是个独自生活孤苦伶仃的内向少年，对于生活，优人只希望能够平平安安的度过余生就好。可是事与愿违，在其16岁生日的那一天，一个名叫野井原绯鞠（小清水亚美配音）的黑发女孩子出现在了他的面前，同时，亦有形状可怖的怪物对优人发起了攻击。战斗之后，绯鞠告诉惊魂未定的优人，他是“鬼斩役十二家”的后人。从前，在人妖混居的世界中，鬼斩役作为人类的守护者，发挥着坚实的作用。但随着时间的流转，他们的能力逐渐的减弱，最终，大部分鬼斩役都流落到了人界，成为了普通人中的一员。如今，妖怪的势力似乎有卷土重来之势，为此，优人必须鼓起勇气，为自己所爱的人不受伤害而努力战斗。

從人類的足跡踏出太陽系，開始在地球以外的行星殖民之後，宇宙間慢慢出現了許多獨立的行星國家。為了維持基本秩序，並避免星際間的摩擦惡化成宇宙戰爭，各獨立行星政府達成協議，成立了類似於聯合國的組織－「宇宙行星聯合」，以保障全人類的安全、自由與和平。當各星系在「宇宙行星聯合」有效的維持之下逐漸繁榮，隨著而來的就是日趨明顯的經濟交流。為維持經濟公平原則以確保各方面利益，宇宙行星聯合特別設立了GOTT （Galactic Organization of Trade and Tariffs銀河商業關稅機構），作為監督各行星國家間關稅與貿易交流，並查緝相關不法行為的執行機構。而GOTT中擁有各種特殊能力、兩人一組負責在最前線執法的特警，就稱為ES MEMBER。 星歷328年 （西元二十五世紀），人類建立第一個殖民行星三百多年後，正是ES member大活躍的時代。

私立碧阳学园的学生会，可以说集结了这个学校最美丽最聪明的女生。身材娇小、天马行空的樱野栗梦（本多真梨子配音）经常突发奇想，召开各种讨论会，可是在军师兼毒舌的抖S红叶知弦（齐藤佑圭配音）、超级热爱漫画的阳光女孩椎名深夏（富樫美铃配音）、阴柔温顺的椎名真冬（堀中优希配音）等成员的掺合下，会议内容经常歪倒天涯海角去。学生会的唯一男性副会长杉崎键（近藤隆配音），暗藏着建立伟大后宫的梦想纵横捭阖，各路出击。而通过他之手，学生会有趣好玩的一面也被真是地记录下来。本片根据葵关南（作）、狗神煌（画）创作的轻小说改编。

三年前的那场事故使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。遥昏睡了整整三年即便是苏醒后的短时间内记忆也一直是处在混乱状态。孝之因为遥的事故而深受打击过着茫然自失的生活。但是全靠了速濑水月献身性的努力虽然几经周折但还是振作了起来现在在Family‐restaurant——Skytemple打工中。遥也找回了记忆病情也康复了马上就能够出院了。随后在遥出院的当天孝之以及好朋友平慎二遥的父亲宗一郎以及遥的妹妹茜一起前往医院迎接出院了的遥。但是在那里并没有出现一直支撑着孝之甚至想到过了结婚的水月的身影…