柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“JollyRoger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

在东西分裂的伦敦所展开的，少女们的谍战动作剧！舞台是19世纪末，被巨大的墙壁东西分断的阿尔比恩王国的首都伦敦。在传统与礼仪的名门梅菲尔女王校，有5位少女在此就学。她们以女高中生为伪装，展开间谍活动。化装、谍报、潜入、驱车追逐……。少女们活用各自的能力，在影之世界来回飞奔。“我们是什么？”“间谍。是满口谎言的生物”