1940年，多方势力盘踞南京，特工金深水（张译饰）终日周旋于日本军方、汪伪政府和军统之间，如同行走于刀尖一般，有着多重身份的他，在满目疮痍的南京城里小心翼翼地活着，隐藏着真实的自己，也寻找着自己乃至整个民族的生路。直到他遇到了和他一样心怀国仇家恨、却似乎比他更游刃有余的林婴婴（郎月婷饰），在和她并肩作战与各方势力展开明争暗斗的过程中，于乱世中求生的金深水第一次开始真正地觉醒……

故事发生在1948年，特别调查局要员俞北平（陈建斌饰）被上级调往青城，奉命调查发生在那里的命案，可实际上，俞北平的真实身份正遭到上级的调查和怀疑，他时时刻刻都处于危险之中。在青城，俞北平遇见了名为林莎（齐溪饰）的女子，身为美军中尉的她，其真实身份其实是俞北平失散多年的女儿。俞北平还有一个小女儿名为徐丹妮（朱颜曼滋饰），此时正在青城上大学的她被卷入了和已婚大学教授的不伦之恋之中无法自拔，与此同时，她和父亲之间的关系亦因为俞北平特殊的身份而陷入了僵局之中。俞北平一边要顺利完成上级交代的任务，一边要和狡猾阴险的敌人周旋，一边还要承受来自至亲的不解和误会，他陷入了苦战之中。

　　鉴于清水市越来越乱的社会治安，林荫（张嘉译 饰）临危受命，担任了清水市新一届公安局长。赴任途中，他亲手抓获了三个行凶的壮汉，但其中一人却让派出所长赵铁军（李梦男 饰）放跑，加之副局长牛明（赵小锐 饰）不冷不热的态度，让林荫很不是滋味。某夜，市委万书记（徐敏 饰）办公室被盗，林荫立下限期破案的军令状。从此，林荫依靠秦志剑（刘均 饰）、高翔（于俭 饰）等刚正不阿的干警，在市委陈副书记、洪市长支持下，与郑光军（谢钢 饰）和公安内部的腐败势力展开了殊死斗争。神通广大的郑光军游说上层领导，暗示要在清水开赌场，林荫将计就计，制定了行动方案“雷雨行动”，他决定彻查黑势力之后的保护伞……