电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。　　少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河......　　鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。　　因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。　　在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......

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在平行世界设立了一所为了培训未来会协助光之美少女的妖精而设立的妖精学校。某天，学校寄邀请函请光之美少女们参加派对，但妒忌光之美少女的学生古莱鲁此时却与被他从“影水晶”中释放出的心之暗影一起行动，并连续袭击校内的妖精和光之美少女们。

15岁的少女铃原泉水子（早见沙织配音）自幼生活在熊野古道玉仓山深处。她性格内敛，不善交际，并且具有令周围电器失灵的体质。即将升入高中的泉水子情窦初开，她悄悄修剪刘海，却不知这将产生怎样无可估量的影响。女孩原本要被安排前往东京的高中求学，但为了尊重其本人意愿，监护人相乐雪政（福山润配音）安排儿子深行（内山昂辉配音）转学至玉仓山栗谷中学，肩负起保护泉水子的重任。原来泉水子作为“冯依”，体内封印着姫神的神秘力量，这种力量使得她称谓各种邪物觊觎伤害的对象。原本性格不合的少男少女，自东京修学旅行的恐慌过后相互理解。在深行的守护下，他们将面临各大的挑战……本片根据荻原规子的小说改编。