这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作……本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。

　　被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......

表面上，高岭清麿（樱井孝宏配音）是一个个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场残酷的战争中去。

在负责押送尸魂界王族秘宝“王印”的途中，一股神秘力量突然袭来，十番队虽奋力反击，却终究丢掉秘宝，日番谷冬狮郎（朴璐美配音）也在阵前莫名逃亡。不久，日番谷临阵逃脱的报告传遍尸魂界，黑崎一护（森田成一配音）从二番队队长碎蜂口中得知始末，之后遇见并救助了体力不支倒地的日番谷，继而得知袭击护送队伍且与日番谷交手的是一个早已死掉的死神草冠。这两个人当年曾是莫逆之交，他们的关系也让袭击事件变得扑朔迷离。日番谷的暧昧态度零十番队遭受软禁处罚，而草冠的背后有隐藏着怎样的势力和秘密？本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第二部剧场版。

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