人间体乡秀树的梦想是成为一名出色的赛车手，可这个梦想在第一集中破灭了——乡秀树为了救一个为救小狗鲁莽行事的小孩而不幸被残暴的怪兽杀害。和他共事的挚友坂田（女朋友秋子的哥哥）把他们刚合作完成的赛车点燃以悼念死去的乡。

　哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發俄島。他們發現島上出現的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府攔截，但那時金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？

富士山下的小村庄正在进行热闹的祭典，突如其来的山火却让人们陷入恐慌之中，而天文学家白石良一（平田昭彦 饰）则在混乱中失踪。不久，当地发生滑坡、天坑等离奇事件，更有一个巨大、恐怖的机器人出现，对周遭城镇进行大肆破坏。白石的朋友渥美让治（佐原健二 饰）和安达谦治郎博士（志村喬 饰）随同军队前往当地调查，意外遭遇外星人的球形基地，并受到对方的邀请。外星人声称很久以前他们的星球因核战而毁灭，幸存者在宇宙间流浪寻找合适的栖息地。他们希望地球人开辟半径为3公里的土地给外星人居住，并准许他们和地球的女性通婚。人类对此表示拒绝，并组成地球防卫军和星外来客展开对抗……本片为东宝首部采用宽银幕的特摄作品。

为了挫败穆帝国称霸世界的野心，前日本海军秘密建造的一艘海底战舰在水下、空中和地下航行。海底战舰击败了穆帝国的守护神曼达，最终抵达了帝国的心脏！被毁灭的穆帝国女王的举动也令人动容，堪称一部百看不厌的不朽科幻电影。