战姬绝唱故事讲述过去被称为融合症例的少女，在世界行将终焉之际抓住了奇迹，完成了与永恒之枪Symphogear的适合。 以地球灵长存续之名所执行的人类淘汰人称Frontier事变的一连串骚乱，在以歌连通血脉的少女们的活跃之下画上了终止符，然而新的故事在那之后不久便拉开了帷幕。 将亚宇宙撕开一条弧线的超音速坠落物体。那是，在拉格朗日点的大气圈外结束了活动，准备回归地球的联合国所属的航天飞机。 航天飞机陷入系统故障引起的机能不全，这样下去的话，机体空中分解或是撞击地表将不可避免，面对这一紧急事态，各国领导只是在惊慌失措。 曾经两次将世界从前所未有的危机当中拯救出来的Symphogear装者们，由于其力量被视作日本政府保有的军备，即使是人道的救护支援，在国外的活动也无从实现，只得万不得已地待机。 那之后经过了100多天。 Frontier事变以来，被认定的特异灾害Noise再未被观测到，就在知道事件始末的人们都预感到Noise的根绝和受害的停止之时。 在本部观测监视器的藤尧朔也和友里葵，确认到了与Noise不同、但近似的反应波形。 地点是横滨港大栈桥码头附近。 在那里，怀抱小小的盒子，如同逃跑一般奔驰的黑衣废弃物11号（Elfnein）的身影被发现。 存在着，毁灭世界的歌曲。 现在，尚无人发觉即将来临的威胁，在夏季的夜空下，有的只是舞动的红色粉尘。

“我与你一同飞向天空。”甘粕桧曾根，是最近开始在航空自卫队岐阜基地任职的新人。过于率直而总是无意识地伤害他人，对此感到疲惫不堪的她，选择成为任期限定的自卫官。但，命运的邂逅彻底改变了她的人生。被秘藏在基地中、伪装成战斗机的龙选中了桧曾根，并和她一起飞向天空。就这样，搭乘“OTF（变态飞翔生命体）”的飞行要员，成为了桧曾根的工作。甚至能左右国家命运的龙，究竟隐藏着怎样的秘密呢……。