秦晓阳和唐石是从小一起长大的“铁哥们”，一次偶然事件使两人走进分属两个对决阵营。秦晓阳意外获得“密钥”并应征入伍来到以计算机信息化网络人才为主要强军目标的“天狼”特战队，在网络高手朱丽彤的配合下潜入国际恐怖组织暗网平台“地狱之门”，并与一直深爱的大数据专家姜玫、特战队员段宇哲以及老一代反恐精英一起，与恐怖分子集团斗智斗勇，挫败了一次次恐怖事件，最后在唐石的帮助下一举摧毁暗网平台，打击了国际恐怖组织。

故事发生在清康熙年间，由于三藩作乱，內忧外患，清廷政权处于摇曳之中。三十年后，七阿哥胤礽（马景涛饰）在康熙（刘德凯饰）精心培育下成为皇储，父子俩虽说对时政常有争执，但皇阿玛仍有信心把他培养成大清的皇位继承人。觊觎皇位心切的是大阿哥、四阿哥（赵鸿飞饰）、八阿哥（黄垒鑫饰），他们身边都有权高位重的支持者，加之重臣明珠（徐敏饰）与索额图（郑天庸饰）长年争党的复杂因素，胤礽身边无时不涌动着你死我活的竟争暗流。前明皇子朱慈焕（高明饰）被慕天颜（李国华饰）告发，四阿哥为利益出卖红颜知己，一桩桩一件件图谋皇位的人间惨剧时时上演着。终于，康熙与胤礽积累已久的恩怨爆发了......

反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。反恐指挥中心根据T国请求选派“专家”潜入公司。痛失爱子的赵欣主动请缨“退出现役”、深入虎穴。接二连三的恐怖事件，使“新纪元计划”逐渐浮出水面。被病痛折磨的钟原率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员绝地出击，在爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的配合下，成功粉碎了恐怖组织连环阴谋和生化袭击，揭开了江寒以“有益菌”为载体制造病毒的真实面目。

来自蒙古科尔沁旗的大玉儿（宁静饰）从小被誉为“满蒙第一美女”，她和皇太极（刘德凯饰）之弟、睿亲王多尔衮（马景涛饰）从小青梅竹马、按许终身，却被皇太极纳为侧福晋，被封永福宫庄妃，与多尔衮成了叔嫂关系，但始终余情未了。皇太极突然驾崩，帝位之争风起云涌，掌握兵权的多尔衮成为皇太极长子豪格的最大敌手，却出乎意料拥护大玉儿之子福临（严昆饰）即位，大玉儿至此成为孝庄太后。为了儿子的帝位、大清基业，孝庄始终和多尔衮保持若即若离关系，而为了太后的清誉，两人多年的炙热感情也只剩下发乎情止乎礼的遗憾。多尔衮英年早逝，孝庄也只能把痛苦埋在心底，用尽手段辅佐顺治帝的统治，而顺治遭遇爱妃董鄂氏（舒畅饰）病故，萌发出世念头，孝庄不得已立顺治之子玄烨为帝，年号康熙，开创一代大清盛世。