分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。

　“即使如此人们还是不得不扪心自问、仔细斟酌……”　　尖端岛是一个被油泥海包围着的小岛。　　小岛因70年前发生的战争而被“南大陆自由圈”接管，アキユキ（男）与母亲一起在小岛上生活。　　父亲经营着一间小诊所，过着与母子两人的分居生活。　　某日，アキユキ与好友ハル以及フルイチ在上学的途中被卷入了一起爆炸事件。　　爆炸中，アキユキ的手臂遭到了爆炸物射出的神秘光线的照射，变身成了名为“ザムド（Xam'd）”的怪物。　　就在此时，名为ナキアミ的红发异国少女出现在因丧失自我而四处暴走中的Xam'd面前……　　阻止Xam'd的暴走后，ナキアミ将アキユキ带上了国际邮船ザンバニ号。　　アキユキ为了今后能够控制Xam'd的力量并回到尖端岛，与ザンバニ号上结识的伙伴们一起开始了环游世界的旅行。