索罗星球上挖掘出了第六文明的遗迹，主角——名叫雪姬·科斯莫的少年与其他地球人移民到了这里。挖掘出来的巨型机器人被称为 Ideon，这个名字是 Formosa Sheryl 从废墟中发现的文件中获得的。这个伊迪恩，是外星巴夫族传说中，作为伊德岛的巨神而流传下来的。卡拉拉·阿吉巴未经井出搜索队队长吉杰·扎拉尔的许可，前往索罗星球（洛戈·达乌饰）进行调查。科斯莫 (Cosmo)、乔丹·贝丝 (Jordan Beth) 和伊姆霍夫·卡莎 (Imhof Kasha) 驾驶着 Ideon，但两个人类种族都惧怕对方，称对方为外星人，而当他们试图消灭外星人以保护自己的星球时，战争不断升级。科斯莫和他的朋友们放弃了 Solo Planet，乘坐 Ideon 的母舰 Soloship 逃往太空。

星历2988，巴兰谢公（田中秀幸 配音）成功研制出新型Fatima（拥有女性外表的机器人）拉克西丝（川村万梨阿 配音）和克罗索（佐久間レイ 配音），他召开盛大华贵的发布会，连传奇整备士雷帝欧斯·苏普（堀川亮 配音）也应邀参加。但在发布会开始前，克罗索在拉克西丝的帮助下逃跑，引起一阵混乱。最终寇拉斯三世（井上和彦 配音）救下克罗索，而后者也将寇拉斯认定为自己的主人。虽则如此，邪恶贪婪的尤巴大公（永井一郎 配音）不愿遭受如此挫败，他时刻企图将克罗索和拉克西丝纳为自己的私人物品。一场关乎贪婪和欲望的争夺……本片根据日本漫画家永野护的同名原作改编。

U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。

2062年，为了轨道电梯的所有权，地球分为两大阵营而互相争夺；主角桂木桂隶属的自由宇宙军，计划以新研发的D兵器“时空震动弹”破坏轨道电梯的能源供应，但是行动遭遇到敌对阵营的猛烈炮火而不得不撤退，危急中怒火中烧的桂木桂，启动了尚未调整好的时空震动弹，结果引发了始料未及的时空混乱，造成多元世界同时出现互相混合，并形成了“相克界”，桂木桂也因此被卷入震波而时空转移，来到了事件发生的20年后的混乱时空世纪20年。桂木桂被埃曼人（エマーン）的商队寻获并一同行动，但是桂木桂却由于身为修复混乱时空的关键“特异点”，因而成为各势力争夺的目标；在不断战斗与寻求解决之道的同时，桂木桂官校的同窗欧森竟然出现在眼前，并且与他兵戎相见；甚至还见到了自己未来的女儿雅典娜。桂木桂最终将面对新旧交杂的世界，并试图修复时空混乱的局面。而桂木桂终于发现，要想让时空回归正轨的最后手段，竟是得前往当初时空震动弹启动前那一刻的时空中，并杀死当时的自己…