2010年，苏格兰格拉斯哥。一种未知、恐怖的病毒肆意蔓延，感染着全身布满疱疹，溃烂流脓，最终在折磨中痛苦死去。由于缺少医疗设备和疫苗，短短一周内死亡人数成千上万。为抑制病毒蔓延，英国政府对苏格兰进行全面封锁，企图将病毒彻底隔离。在此之后，地球上其他地区的人们得到长达近三十年的平静，但在2035年某天，该死亡病毒再次于英国伦敦爆发。正当政府官员焦急万分之际，他们得到了一条令人振奋的消息。一张卫星照片显示，在苏格兰隔离区有生命存活的迹象。为了找到对抗病毒的办法，政府派出以伊登•辛克莱（罗娜•米特拉RhonaMitra饰）为首的科学队伍进入隔离区。伊登当年从疫区侥幸逃生，当她回到这片阔别将近三十年的故土时，却发现这里已经变成弱肉强食、蛮荒残暴的血肉战场……

　　时光飞逝，当年的小飞侠彼得·潘（Robin Williams 罗宾·威廉姆斯 饰）已长大成人，成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂（玛吉·史密斯 Maggie Smith 饰）的孙女结婚，并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨，其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份，以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。　　在带着妻儿探望祖母的路上，邪恶的铁钩船长（Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰）竟然再次出现，并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措，为了拯救孩子，他必须尽快找回小飞侠的身份，回到梦幻岛与宿敌决一雌雄……