皮卡特舰长获知百科（Data）中尉在巴库（Baku）星球被掳为人质后立刻率企业号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；百科被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。皮卡特舰长遇到一名叫做安妮的巴库女子，经由她得知巴库人虽然看起来年轻，星球的原居民巴库其实年龄都已经超过三百岁了。面临老化的索纳（Sons）人，发现巴库人长生不老的秘诀再于巴库星球外围的特殊放射线能不断的重组基因结构。如今巴库人要遭受灭种的威胁……来自外层空间的索纳人联结星际联盟，根据原有的巴库人村落拟造了一个一模一样的环境，预谋将巴库人迁徙到这个虚拟村落，企图独享青春泉源。瑟纳人首领鲁阿弗假藉文化访查之名率众进入巴库星球，企图赶走巴库人，占领巴库星球。皮卡特舰长将所获知的情报呈报杜尔迪司令，却发现司令与星际联邦总部早已知情，并暗中参与这项阴谋。杜尔迪不理会皮卡特的抗议，下令企业号立即撤返，不得干预。毕卡舰长面临了关键性的一刻，若他服从命令就违背了当初加入星际舰队时曾立下的誓言，反之，若采取行动，他则必须放弃事业、组员、企业号、一切！来投入这场天堂之战。

一架来自欧洲的班机，为了政治任务要飞越美国领空。在机上，总统候选人史都特（大卫·海迪生 饰）带了一片可以结束战争的磁片，同行的还有空军队长杰克（布莱恩·伯茨沃斯 饰）。磁片中有美国副总统杰若从事不法军火交易的证据。但就在飞机降落之前，由杰若指使的恐怖份子挟持了这架飞机，并杀掉了机长和机员，飞机陷入混乱状态。美国空军接白宫指示，派出战斗机攻击被挟持的飞机，飞机同时受到战斗机及恐怖份子的围攻，并且失去控制，又无法与地面电台联络。机上乘客的唯一希望在杰克身上，但身为空军队长的他竟然不会开这架飞机，他能化解这场危机吗？

杰克罗林斯博士，携同两名助手进行野外的考察，却遭遇到莫名其妙的火山爆发，出现在美国各处。这些灾难的出现，与美国当局的一个秘密任务“DEEP计划”有关。于是，一场牵涉到自然科学研究，国家能源开发与个人私欲的斗争，陆续上演了。