四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

克兰（迈克尔·J·福克斯 Michael J. Fox 饰），一位备受欢迎的好莱坞演员，决定改变他在银幕上的形象，接下一个警探的角色。这是他的一次尝试，试图摆脱以往的角色类型。为了更好地准备这个角色，他前往纽约与真正的凶杀组刑警约翰摩斯（詹姆斯·伍兹 James Woods 饰）合作，决定亲身体验警探的真实生活。 尽管摩斯可能并不欢迎这位好莱坞明星的到来，但他必须遵守上级的命令，带着尼克兰一起去追捕一位连续杀人的罪犯。然而，尼克兰在警探工作中表现得相当笨拙，他破坏了摩斯设计的捉拿计划，让摩斯的每一个任务都以失败收场。

退休炸弹专家佩恩（丹尼斯•霍珀DennisHopper饰）因不满政府的退休政策，产生了报复社会的念头。他先是在电梯里安装炸弹，劫持人质勒索100万美元赎金，但被特警杰克（基努•李维斯KeanuReeves饰）拆除了炸弹，救出了人质。佩恩趁乱逃脱。一计不成，佩恩并没有放弃，他继续他疯狂的计划。这次他炸毁了一辆公车，并在另一辆公车上安装了炸弹，只要该公车的时速超过了50英里就不能再减速，否则就会引起爆炸。当杰克赶上这辆公车时，公车已经满载乘客行驶在高速公路上，时速也早已过了50英里。杰克是俗称的“胆生毛”，他冒险上了公车，和佩恩之间的生死时速开始了。