某个大陆的、某个时代。大陆南北分割的战争结束了，世界走向了和平。在战争中作为军人的薇尔莉特•伊芙加登，怀抱着对她来说无比重要之人留下的“话语”，离开军队来到了大港口城市。踊跃的人群在排列着煤气灯的街道马路上来来往往地穿梭着。薇欧瑞特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。她直面委托人、触碰着他们内心深处的坦率感情。与此同时，薇欧瑞特在记录书信时，渐渐明白那“话语”的含义。

在人类与敌人——“Unknown”持续战争的世界。数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们，从沉睡中醒来之时，得知自己的身体中被发现了超自然的力量——“世界”。为了从出现在东京湾的“Unknown”手中保护国家，少年少女们在东京、神奈川、千叶的各防卫都市展开战斗。东京由相乐总、神奈川由橘公司、千叶由渡航担当，创造出“QUALIDEA”的世界。数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们，现在终于从沉睡中醒来，而他们得到了新的力量“世界”，朱雀一弥和宇多良金丝雀也是其中之一。各都市的代表齐聚一堂，就在三都市例会结束后湾岸部AquaLine南方海域确认了大规模的Unknown出现反应，东京、神奈川、千叶防卫都市三校立即展开迎击。公主在消灭Unknown的时候失手摧毁了重要的设施，修缮aqualine的任务就落在了各都市的代表头上，朱雀等人靠着自己的力量加快了修缮的进度，刚刚修缮完毕aqualine，新的任务就出现了。青生的世界可以扫描他人的视觉、听觉及主观印象再重播给别人，朱雀等人从目击者的角度看到了海里疑似Unknown的存在，搜寻任务立即开始。Aqualine海萤前面海域出现了超巨大Unknown，这是比之前最大的特里同级还要大的新型，管理局将此新型暂称为利维坦级，明早在日出时分三校将同时前去讨伐，这是与此前截然不同的战斗。为了证明自己的朱雀提前赶赴现场，金丝雀发现后也前来支援，但此次敌人的能力完全超出了他们的想象。金丝雀的负伤让朱雀非常的内疚与自责，三校的代表全都聚集了过来，开始向利维坦级Unknown展开攻势，但即便是公主的全力一击也无法伤及它的一分一毫。恢复精神的朱雀立即组织人员开始反击，各地的战斗人员全都积极加入了战斗。从医院中醒来的金丝雀得知大家都在战斗后执意前往战场，她的歌声鼓舞了所有的人。

讲述高墙内的人类们为了自己的生存对抗巨人的故事。

据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……

故事发生在某个未来人类遭到未知机械生命体「Vice」的攻击，乘上大型移民船流亡宇宙你必须带领能穿着特殊武装「AliceGear」的少女「Actress」们对抗持续来犯的敌人为拯救人类而战吧！