AftertheDawnRebellion,ChartravelstoEarthandmeetsagirlwithmysteriouspowersnamedLalahSune.Meanwhile,Amuro’sfatherTemRayisworkingontheRX-78developmentproject.LearningofthedefectionofDoctorMinovsky,akeyfigureinZeonmobilesuitdevelopment,heheadsforthemoon.History’sfirstbattlebetweenmobilesuitsunfoldsinthetwilightzoneofthelunarsurface.ThencomesUniversalCentury0079.Side3,thespacecityfurthestfromtheEarth,launchesawarofindependenceagainsttheEarthFederationgovernmentunderthenameofthePrincipalityofZeon.Aneraofviolentupheavalbegins,inwhichhalfofthetotalhumanpopulationwillbekilled...http://www.gundam-the-origin.net/en/story/index.html

白滨兼一（关智一配音）是一个为人和善性格懦弱的内向少年，因为这性格，兼一没少受同学的欺负。为了改变悲惨的现状，兼一决定改头换面重新做人，随即加入了学校的空手道部。没想到，在社团里，兼一的境遇并没有改变，因为被社员讨厌，兼一即将被驱逐出社团，唯一幸免于难的方法就是在于社员的比武中获胜，这对于兼一来说，几乎是不可能完成的任务。名叫风林寺美羽（川上伦子配音）的美少女出现在了兼一的面前，她告诉兼一，有一处名为梁山泊的道场聚集了无数的武林英雄豪杰。为了赢得比试，兼一走上了修炼的修罗之道，令他没想到的是，他平凡的人生即将被这一仓促的决定而彻底颠覆。

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(RentonThurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井敏夫一同生活，现正在GenerationBlue（蓝色世代）中。女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（IntelligentFlyingObject）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。