1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金田的职业高中学生。突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。

在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族……本片根据荒川弘的漫画原著改编。