转眼间已经是1979年，第二代教父麦克•柯里昂（阿尔•帕西诺饰）到了垂暮之年，为了灵魂的救赎，麦克慢慢结束家族的黑道事业，转投正当生意。麦克的儿子托尼酷爱艺术，无意接手家族事业，迈克尔决定让大哥逊尼的私生子，火爆好色的文森（安迪•加西亚饰）继承家业，当第三代教父。麦克的爱女玛丽（索菲娅•科波拉饰）和文森相恋，遭到父亲的反对，父女渐渐疏远。为了使家族资产合法化，麦克通过在梵蒂冈教廷的关系网，准备投资“屹立”集团，却遭到敌人的暗中阻挠，教皇的去世也让事情更加扑朔迷离。麦克无奈之下，只能重新选择用暴力解决问题，他的亲人也被卷入了这场血雨腥风。

　这个故事发生在米罗（詹姆斯·阿诺德·泰勒 James Arnold Taylor 配音）和齐达（克里·萨莫 Cree Summer 配音）留在亚特兰提斯之后，当几艘货船在亚特兰提斯北方的海域遭受攻击时，两人和前来探险的小组展开了调查，却发现攻击者并非机械龙虾，而是其他神秘的力量。在渡过这次危机后，齐达决定找出如何最大限度地利用魔幻水晶的方法。她与米罗以及探险队员一同踏上了旅程，希望揭开事件背后的谜团。他们面临着一个重要的抉择，是将魔幻水晶运用起来，还是永远将其隐藏。在寻找答案的过程中，他们遭遇了各种挑战和危险，他们必须面对自己内心的矛盾和观念之争，同时也要权衡利益和可能带来的后果，这个决定将决定亚特兰提斯的未来和他们自己的命运。