《你的孩子不是你的孩子》改编自作家吴晓乐的同名小说，由六位编剧将书中的九个故事改编成五个单元。书中深刻描述家庭中，因追逐分数的考试制度而扭曲的亲子关系，以及单一的成功价值观忽略了个体差异性的高压社会。

靠已亡故的姐姐陶碧槐（谢玲玲）和差点成为姐夫的江淮（秦汉）的不断资助和鼓励，在英国念戏剧的陶丹枫（林青霞）终于学成归国。而由于不断的通信，她和江淮已生出“恋情”。在与姐姐的生前好友谈话时，姐姐不是因心脏病而是江淮另外爱上了别的女人而死的念头从陶丹枫心头冒出，她立誓查出姐姐死亡的真相，并决定报复江淮。

夏迎蓝（吕秀菱 饰）成功的应聘进入了萧氏企业成为了董事长的秘书，这份工作让夏迎蓝对未来充满了期待。某日，她邂逅了一个名为阿奇（刘文正 饰）的男孩，虽然不知道这个男孩到底是何许人也，但夏迎蓝还是无可救药的爱上了他。阿奇实在是一个非常神秘的男人，然而，他越是深藏不露，夏迎蓝就越是想要向他靠近。之后，夏迎蓝遇见了黎之伟（云中岳 饰），黎之伟有过一段痛苦的过往，夏迎蓝对他充满了怜惜，但也仅仅只是怜惜而已。让夏迎蓝没有想到的是，黎之伟竟然曝出了阿奇的真正身份，这个秘密的曝光让夏迎蓝开始怀疑她和阿奇之间的恋情是否自始至终都是一场骗局。 

均昊（明道饰）收购观美渔村改建成新的观光景点偕同未婚妻芸熙（赵虹乔饰）前往，偶遇专门欺骗观光客的天瑜（陈乔恩饰），两人就此种下结子。均昊买给芸熙的求婚戒指不幸遗失，意外被去参加抬神轿比赛的芸熙捡到，均昊便认定她是个爱钱的女骗子。均昊的好友子骞（王绍伟饰）一直爱着芸熙，他的拜把朋友为了帮他夺回最爱，在芸熙和均昊订婚当天绑走均昊，导致两人坠海。均昊爬上岸求救，却被天瑜一家人撞上。均昊清醒后失去记忆，天瑜一家连合骗他为大陆偷渡客，并为他取名为茼蒿，留在杂货店工作。在纯朴的渔村生活下，均昊的个性有了一百八十度的大转变，不知不觉中对天瑜和均昊产生情愫。就在两情相悦时，均昊的记忆渐渐恢复了，忘记了与天瑜的记忆，准备与芸熙结婚。而天瑜该如何唤醒均昊爱的记忆，抢救与均昊之间的爱情呢？