在实验室里工作的涅被像镰刀一样的东西袭击，身体产生了异变。涅突然像疯了似的，没有缘由地乱敲试验装置的操作盘。於是，一瞬间瀞灵廷被灵子云所覆盖，死神们都准备去联络涅。当剑八冲进涅的实验室时，发生了巨大的灵子爆炸。然后，瀞灵廷被破坏了。露琪亚惊愕地在远处发现了瀞灵廷被破坏，在她面前出现了某个影子。那个影子向露琪亚斩下镰刀，露琪亚的身体（心）之中像是有什麼东西消失了……同时，现世中感觉到异变的一护去找浦原。一护从浦原那裏听到了「瀞灵廷被破坏」的消息，便和魂一同去尸魂界。在崩坏的净灵廷中等待著一护的，是消除了和一护相关记忆的恋次等人。不仅仅是一护的事情，连露琪亚的事情都消失了。在死神面前虚化的一护，被当成了破坏净灵廷的犯人追杀……。尸魂界里到底发生了什麼？谜之两个黑影的真实身份是？露琪亚去了哪里？一护孤独的战斗开始了……。

故事开端为第一季故事的七年之后。高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。终于，星野文奈、神木世界、高坂祐马三人组成了Team·Try·fighters，能够在高达模型对战大赛中登场，向世界大赛展开挑战。

市丸恭介（真殿光昭配音）是一个外表和内心都十分朴素的青年，目前就职于一所高中担任物理老师的职务。虽然个性有些木讷害羞，每天都过着两点一线的枯燥生活，但是恭介在教员和学生之间却有着意外高昂的人气。其实，恭介有着一个天大的秘密，他不仅已经结婚，并且，其结婚的对象，居然是在同一学校就读的女子高中生小野原麻美（川澄绫子配音）！17岁的麻美和恭介的感情十分要好。在学校里，她是他的学生，一回到家，她便是他的娇妻。为了遵循父亲的意愿，在同学面前，麻美和恭介必须严格保守着他们的秘密。可是，世上没有不透风的墙壁，还是有一些人察觉到了两人不寻常的关系。两人的命运和爱情会怎样呢？恭介能够平安的等到属于麻美的毕业季的到来吗？