本作品的设定与将于 5 月 4 日开始播出的 TV 动画第七季类似，是一个因英雄与敌人恶棍之间的战斗而遭到破坏的社会，充满了达格鲁（Datsugoku）的社会。逃离敌方恶棍拘留所。就在德库和他的英雄与敌人恶棍之间的最后一战之前，发生了一件震惊世界的重大事件。

此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕……本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。

“亚人”是1980年代开始渐渐出现在人类视野之中的新人种，他们源自于人类，有着和人类一样的外貌，却有着不老不死的肉身，只有一个人类死亡之后，才能够判断他是否为亚人。人类恐惧亚人身上所蕴藏的强大力量，对他们发起了严酷的追捕和研究。永井圭（宫野真守配音）是一位平凡的少年，拥有高超的智商和优秀的成绩，某日，在一场交通事故中，永井圭不幸丧生，随后变为亚人，遭到了军方的通缉。在童年好友海斗（细谷佳正配音）的帮助下，永井圭踏上了逃亡的旅途，期间遇到了身份神秘的帽子男佐藤（大冢芳忠配音），虽然佐藤和永井圭同为亚人，但不知为何，佐藤将永井圭视为了敌人。

在天下失序、列强割据的战乱时代，僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本。孤儿名叫仔太郎，他背负着一个惊人的秘密。与祥庵失散后，孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺，在途中遇见了神秘剑士“无名”。仔太郎遭到追杀，危急时刻无名救了他一命。从此两人结伴同行。性格乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不断，但渐渐成了好朋友。白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎，他们开始着手筹备某种仪式。金发碧眼的剑士“罗狼”也是追杀组织中的一员，他虽然听命行事但并不真正在意组织的目的，对他来说，寻找可以与自己匹敌的对手才是生命的意义。罗狼与无名之间的生死对决拉开了帷幕……

　　地心引力不再的东京，一名男孩和女孩相互倾心……　　世界各地降下一阵泡泡雨，地心引力定律就此瓦解，故事在此时从东京开展。　　东京与外界彻底隔绝，成了一群年轻孤儿的游乐场。大伙在此成群结队，穿梭跳跃各个建筑，上演跑酷大战。　　以危险的游戏风格闯出名号的年轻好手响，某天不慎失足，坠入扭转重力的海里，幸而被掌握神秘力量的女孩诗搭救。接着，俩人竟听见别人完全无法耳闻的独特声响。　　诗为何会出现在响的面前？俩人相遇，继而揭开足以改变世界的真相。

拥有大量资产的神户家少爷大助前往赴任之处，是仅会接收在警视厅引发问题之人的「现代犯罪对策本部准备室」，通称「现对本部」。大助在那里与重视人情的男人·加藤春组成了搭档。面对连人命都以价钱衡量的大助，加藤以「世上并非只有金钱」加以反驳。而各种各样的事件和谜团，阻挡在这对立的2人面前。超越常识的搜查现在开始——！

喜欢与水接触的七濑遥与朋友橘诚一起加入了岩鸢初中的游泳部。遥决定与诚、椎名朝日和雾岛郁也组成混合泳接力队。他们性格不同，思维方式不同，根本合不来。尽管如此，Haruka 仍在思考如何才能成为一个团队，逐渐了解彼此，并越来越多地练习。

炎炎夏日，茂下町的烟花大会即将举行。就读于当地高中的及川奈砂（广濑铃 配音）并未沉浸在愉快祥和的气氛之中，她即将随母亲（松隆子 配音）搬家到另一个城市，心中满是失落。在某次即兴的游泳比赛时，奈砂击败同班同学岛田典道（菅田将晖 配音）和安昙祐介（宫野真守 配音）。随后她坦白喜欢祐介，希望烟花大会时能与对方一同游玩。可是祐介、典道随后卷入和朋友们关于“烟花到底是圆是扁”的争论中，大家约好当晚一起去某地见证。祐介因此爽约，而同样偷偷喜欢着奈砂的典道因此发觉了女孩的秘密和心思。他为此责怪好友，也渴望时光重来，迎得当初那场比赛……

故事讲述了曾经被孙悟空击败的红绸军卷土重来，创造出了自称是超级英雄的人造人伽玛1号和伽玛2号。悟饭、比克与两位超级人造人狭路相逢，展开了激烈的对战……红绸军究竟在酝酿什么阴谋？地球危机迫在眉睫，是时候觉醒了，真正的“超级英雄”！

21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。