重案组探员耶稣加入警队短短数年，屡立奇功，崭露头角，备受上司张sir器重。但是他的心底愿望，是加入飞虎队。耶稣完成五个星期的基本训练，终于和其他人进入最后的遴选阶段，需要连续五日五夜进行对垒战，战事完毕。正当人人以为耶稣可以顺利成为飞虎队时，教官Stone却踢他出局，完全不提因由。　　耶稣临危受命，调动人手围剿匪贼，警匪双方展开激烈枪战，Stone带领飞虎队杀入仓库，耶稣则在外围支援，可是匪贼竟然把飞虎队的狙击手接二连三击中，企图打开缺口，杀出重围。耶稣拿起狙击枪把守最后关口，最后在重案组和飞虎队配合下，成功歼灭匪贼。

1999年，澳门回归中国前。澳门司警马振成（杜汶泽饰）因惹上是非遭停职，警察生涯即将终结。马振成与伙计仍然夜蒲，盲打误撞遇上一名神秘少女张碧欣（梁洛施饰）。张碧欣随之跟着马振成回家，醉酒醒来的马振成以为自己与对方有了一夜情，再加上碧欣声称是他与初恋情人分手后生下的女儿，更加令马振成错愕不已。

黑帮社会错综复杂，黑帮首脑金度升（米高边 饰）越狱成功，让香港警方更是陷入了高度戒备。更棘手的是，金度升正在实施一套复仇计划，把警方头号通缉犯段边虎劫持并杀害。他的下一个目标，正是段边虎的弟弟段边豹。这个险境环生的黑帮世界，竟然牵连进来了一个善良的女子游静。游静是段边虎的女友，却从来没有想过，自己其实只是一个被利用的人，更因此而卷入金度升的复仇计划。眼看香港即将迎来一场风起云卷的杀机，“猛龙”特警队的一众成员（任达华、吴建豪、余文乐、夏雨、周俊杰、黄圣依等饰）开始了惊心动魄的行动。

警察叻sir（陈百祥 饰）为了取得黑社会头目曾琛（曾志伟 饰）的犯罪证据，命令手下须仁（余文乐 饰）、肥秋（林子聪 饰）和傻强（杜汶泽 饰）进入曾琛的帮派中当卧底，而事实上曾琛也派了手下华dee（黄浩然 饰）潜入了警队当中。当他们进入了帮派后，才发现曾琛不懂如何处理黑社会中的事务，本质并不坏。这时候，须仁他们被数名不知情的女警抓住了。须仁等人更对这几名警花产生了感情。不久黑社会的最高头目死去了，帮派内部纠纷不断。须仁这几名搞怪之人也掺和进去了，继而发生一连串乱七八糟的糊涂事。

阿凡（余文乐饰）自小便没有了父母，为了生活与好友阿明（黄又南饰）在戏院门口卖蔗。一天他们看到在街头上大打狮鼓的阿蓝（蔡卓妍饰）。阿明对阿蓝一见钟情，决定与阿凡一起到阿蓝父亲（葛民辉饰）的武馆以学艺为名接近阿蓝，阿蓝却对阿凡有意，阿凡决定成全好朋友，渐渐与阿蓝生疏了。在一个丧礼上，阿凡遇到了一个从小在尼姑庵长大的女孩——“灭绝师太“（钟欣桐饰），阿凡被她的美貌深深吸引，每天都偷偷跟着她到山上去。女孩终于发现了他，并对他产生了情愫，想让阿凡带她走出尼姑庵，去看看那个多彩的世界，出走后，便从此消失于阿凡的身边。阿明利用老电影的剧本，得到了阿蓝的欢心，可是阿凡心里还是念念不忘他的“灭绝师太”。

1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。

　　刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。　　刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

多年前，光绪皇帝秘密委派天远舰王德彪去南海属国押送一批宝藏回京。天远舰押运归途，遇到日本舰队拦截，王德彪重伤之下，率众退到老家。此时光绪驾崩，自己无从复命，于是就地掩埋了宝藏。他将藏宝图置于一个锦盒中，将锦盒、钥匙机关、显影药水分别交给轮机手肖志仓、亲信沐老三和副舰长方炳坤保管。于是这三人准备归隐老家，成为这批宝藏的联合护宝人。王德彪嘱托三人在未来大清朝明君当道之时将宝藏取出造福国家百姓……某日，王德彪被发现中镖死于荒郊。沐老三认出飞镖是肖志仓所独有暗器，欲杀肖志仓为王德彪报仇。肖志仓武功远胜沐老三，但回到家后却发现妻子死于非命，二女儿失踪，沐老三成为最大嫌疑人。于是肖、沐二人势不两立，沐老三远避他乡，独自抚养了肖志仓的小女儿，取名“沐晓英”。我们的故事是从十八年后一个小渔村开始。原本在小渔村过着平静生活的沐晓英，精灵古怪，好打不平。不料一夜之间陡生意外，父亲沐老三成为庙村客栈纵火案的嫌犯，三人死亡，沐老三失踪。在私家侦探方瀚文的帮助下，沐晓英决定到天津卫寻找自己的父亲探明真相。女警官肖雅杰就发现了沐晓英的身份，欲捕捉沐晓英引出沐老三。方瀚文几次帮助沐晓英躲过了危机，但是沐晓英却发现方瀚文是肖雅杰的男朋友，也是天津警备司令方炳坤的儿子，而肖雅杰则是当地首富肖志仓的大女儿。于是肖、方、沐三家又因为下一代的关系紧紧联系在一起。方瀚文的真实身份是北洋政府的特别探员，负责寻求那笔神秘宝藏的真相，而目前他唯一的线索只是知道沐老三与此事有关，所以只能紧紧跟着沐晓英；肖雅杰和沐晓英都不知道父辈的纠葛和宝藏的秘密，只在天津卫上演着猫捉老鼠一般的对抗游戏，也是在对抗当中，两人有惺惺相惜的亲近感，直至义结金兰。方瀚文也喜欢上聪明伶俐的沐晓英，对肖雅杰又难以割舍。他也不明白自己的多情到底是为了完成上级任务，还是出于真心……